葵花虫眼机的磁选分离部分主要采用的是磁选技术，其原理是利用磁场对磁性物质的吸引作用，将含有磁性物质（如铁粉或铁砂）的虫眼葵花籽与好的葵花籽分离。以下是具体介绍：

永磁式磁选：在永磁式葵花虫眼机中，磁选机由磁轴和皮带刮条组成。经过与铁砂充分搅拌的葵花进入磁选机，含有铁砂的虫眼葵花籽会吸附在磁轴上，再经过皮带刮条刮下来流入振动筛，而好的葵花籽因不含铁砂不受吸力作用直接进入成品料斗。这种方式利用永磁体产生的磁场，具有结构简单、工作稳定、无需外部供电等优点。

电磁式磁选：一些基于电磁铁的葵花虫眼机，通过箱体连接装有铁粉的混合装置，箱体内设有电磁铁。当混合装置将铁粉和葵花籽排入箱体内后，内部装有铁粉的虫眼葵花籽和未混合的铁粉在下落过程中，会受到电磁铁的磁力吸引向电磁铁方向作抛物线运动，从而与好的葵花籽分离。电磁式磁选的优点是可以通过调节电流大小来控制磁场强度，从而适应不同规格和磁性强度的虫眼葵花籽分选，具有较强的适应性。

还有一些磁选式瓜子虫眼机，采用桶状磁体作为磁选结构。瓜子与铁粉的混合物进入壳体内做抛物线下落过程中，桶状磁体将内部含有铁粉的虫眼、开裂瓜子和铁粉一起吸至桶状磁体表面，并由刮板刮落至虫眼区排出，内部未含有铁粉的完整瓜子在重力作用下下落至成品区排出。这种设计也能有效地实现虫眼瓜子与完整瓜子的分离，提高虫眼瓜子的筛除效率。